引起番茄萎蔫的原因可能是生理性缺水，或者患青枯病、枯萎病。
生理性缺水：会引起番茄萎蔫，多发生在低温季节，土温过低会影响根系吸水，生理性缺水随气温回升可缓解。
青枯病：白天萎蔫傍晚恢复，病程快，枯死后叶片保持绿色，病茎切面有白色菌液。
枯萎病：白天萎蔫，傍晚不恢复，病程慢，病株枯死后呈黄色。
一、引起番茄萎蔫的原因
1、生理性缺水多发生在低温季节，主要因根系生长不良引起，造成番茄茎秆中空和萎蔫。番茄根系生长合适的土温为20℃-22℃，而9℃-10℃的土温会导致根毛停止生长，土温降至5℃时根系吸收水分、养分的能力严重受阻，即便此时天气放晴，棚温迅速升高，根系也难以迅速吸水，从而造成植株萎蔫。一般在气温稳定回升时，根系恢复正常后症状会减轻。
2、枯萎病和青枯病引起的植株萎蔫现象不同，二者的主要区别：
（1）一是病菌不同，青枯病是性病害，枯萎病是性病害.
（2）二是发病生育期不同，青枯病多在株高30厘米时开始发生，而枯萎病通常在开花结果期发生。
（3）三是萎蔫现象不同，青枯病株白天萎蔫，傍晚恢复，而枯萎病株则白天萎蔫，傍晚不恢复。
（4）四是病程不同，青枯病病程进展迅速，严重的病株经7-8天即死亡，而枯萎病病程进展缓慢，病株一般要经15-30天才枯死。
（5）五是青枯病病株枯死后叶片颜色仍保持绿色，而枯萎病病株枯死后叶色变黄。
（6）六是横切病茎溢出的液体颜色不同，青枯病病株的切面会溢出白色菌液，而枯萎病病株则没有。
二、番茄萎蔫的预防措施
1、冬春季栽培番茄时，注意保护和促进植株根系生长，如加强保温；不偏施氮肥，适当施用富含微量元素的叶面肥；施用促根剂；阴雨天过后或光照强烈时，覆盖物逐渐去除。
2、加强病害监测，早防早治，合理用药。
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