1、如果只是单纯施加化肥，会导致土壤原有养分平衡被打破，若不及时补充有机质，会导致养分比例失调。
2、过度施加化肥会导致土壤情况愈发恶劣，同时使得生态系统遭到破坏。
3、长期施加化肥，会导致土壤团粒结构性能下降，加剧土壤板结。
4、长期施加化肥会导致微生物数量减少，同时有益微生物从优势种群变为次要种群。
5、长期施加化肥会影响作物品质。
一、只单纯施化肥的缺点
1、造成土壤各类养分比例失调
化肥基本上是单质肥料，施入土壤后，打破了土壤原有的养分平衡，长期过量施入而不补充有机物，土壤有机质消耗过度，养分比例失调反过来影响化肥的肥效。
2、农田生态系统遭到破坏
过度施入化肥，通过淋失、挥发和固定，大量的化学物质进入土壤、空气和水系，致使环境状况逐渐恶化，特别是水系化学物质的增加，富营养化严重影响人身。
3、土壤理化性状恶化
长期施用化肥，土壤有机质下降，团粒结构性能降低，土壤板结现象加剧，保肥保水能力降低。
4、土壤微生物区系遭到破坏
过量化肥，尤其是氮肥对微生物具有杀伤作用和抑制作用，长期施用，大量的微生物死亡，土壤微生物区系发生变化，许多有益微生物从优势种群变为次要种群，作物易发生各类病害。
5、农产品品质下降
化肥的肥效较快，对作物前期生长作用明显，而对作物养分积累下利，化肥部分物质被作物吸收积累到植物体中，影响产品品质。
二、春耕施肥注意事项
1、尿素施后不可立刻浇水
在给果树施入尿素后，不可立即浇水，由于尿素施入土壤后会转化成酰胺，立刻浇水的话，非常容易随水流失，当然也不可在大雨前施用。
2、果树忌用硝酸铵
在种植果树的过程中，对于硝酸铵的施用一定要多加注意，能不用就不用，如果吸收过量的话，就会造成果树中毒。
3、硫酸铵不能长期施用
市面上的硫酸铵是生理酸性肥料，如果长期在同一块土壤上施用，就会增加土壤的酸性，破坏土壤团粒结构。如果在碱性土壤中施用的话，硫酸铵的铵离子会被吸收，而酸根离子残留在土壤中与钙发生反应，就会让土壤板结变硬。
4、不可只用微肥
在如今的作物种植中，大家对微量元素也越来越重视，但是一定要注意，虽然锌、钼、硼、稀土等微肥对作物“缺素症”有非常好的效果，但切忌“微肥当家”，防止造成作物营养不良而生长发育受阻。
5、碱性肥料不可与铵态氮肥混施
由于碱性肥料与铵态氨肥，如硫酸铵、碳铵、氯化铵等混施，会导致氨的挥发损失，从而降低肥效。
6、化肥不可与根瘤菌肥等混施
通常来说，化肥有较强的腐蚀性、挥发性和吸水性，如果与菌肥混合施用，会杀伤或抵制活菌，造成肥料失效。
7、碳铵和尿素不可混用
开春给果树施肥的时候，通常都会施用尿素和碳铵，但是，尿素中的酰胺态氮不能被作物吸收，只有在土壤中腺酶的作用下，转化为铵态氮后才可以被作物吸收利用。而碳铵施入土壤后，会造成土壤溶液在短期内呈酸性反应，加速了尿素中氮的挥发损失。所以，它俩是不可混合施用的。
8、碳铵不可和菌肥混用
种植户在开春果树追施肥料时，还会在土壤里面追施一些菌肥，但是由于碳铵会散发一定浓度的氨气，对菌肥中的活性菌有一定的毒害作用，会让菌肥失去肥效。
9、酸性肥料不可和碱性肥料混用
在春季，果树通常是比较缺氮素，因此种植户会相应地追施一定量的氮肥。但是千万不能把酸性肥料和碱性肥料混合施用，一旦混施，它们就会发生中和反应，从而造成氮素损失，降低肥效。
10、禁用未腐熟粪肥
一定要注意，千万不可施用未腐熟的粪肥，否则可能会引起烧根，或者是它在分解过程中产生的氨气也会危害幼苗。特别是对于番茄，施用未经腐熟的有机肥，特别容易引起病毒病。
11、不要一次过多施用高浓度肥料
有的种植户怕地里的作物长得不好，就想着从肥料上面着手，想着加大肥料的用量。但不论是哪一种肥料，若一次剂量过大，就可能会让作物的根系直接受到损害，从而影响作物长势。
12、忌撒施或面施磷素化肥
磷素在土壤中的移动性非常小，撒施或面施就特别容易被土壤吸附固定，从而大大降低磷素的肥效。
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